פילטר אנטיבקטריאלי לחמצן משמש במערכות אספקת חמצן רפואי כדי למנוע חדירה של מזהמים, חיידקים, וירוסים ופסולת סביבתית לתוך מערכת החמצן או לריאות המטופל. תפקידו קריטי במיוחד במצבים רפואיים שבהם יש צורך בחמצן נפרד וממוקד, כמו טיפול בחולים עם בעיות נשימה או במצבים של טיפול ממושך בחמצן.